"Dans ce bidon, il y a des traces du virus" : comment nos eaux usées peuvent faire avancer la recherche sur le Covid-19

"Dans ce bidon, il y a des traces du virus...", indique Sam Azimi, directeur adjoint au service public de l'assainissement francilien. Le sujet n'est pas ragoûtant mais en pleine épidémie de Covid-19, les chercheurs étudient les eaux usées car, une fois malade, le virus se retrouve dans nos excréments et donc dans l'eau des toilettes. 

Des prélèvements dans les stations d'épuration 

Les prélèvements s'effectuent là où tout fini, dans les stations d'épuration. Direction la station d'épuration de Colombes, dans les Hauts-de-Seine. Les prélèvements d'eaux usées ont lieu chaque semaine vers 7h30. Masques et lunettes de protection sur le visage, Moussa et Olivier remplissent des bidons d'une dizaine de litres avec l'eau qui arrive des égouts, dans laquelle on retrouve l'eau des éviers, des douches mais aussi celle des toilettes d'une partie de la région parisienne. Ces bidons partiront ensuite pour analyse Covid. "S'agissant du Covid, on a des concentrations qui sont présentes dans les eaux usées, de manière fréquente, voire maintenant un peu permanente", souligne Sam Azimi.

Nous ce qu'on cherche ce sont des traces du virus. Comme dans une pièce où un crime a été commis, on vient, on relève des traces et on essaie de retrouver le bandit.

Sam Azimi, directeur adjoint au service public de l'assainissement francilien

à franceinfo

"Par contre, ça ne signifie pas que le bandit est encore dans la pièce, prévient Sam Azimi. C'est la même chose dans les eaux usées, on cherche des traces du virus, son ARN et non pas son ADN, et une fois que ces traces sont mesurées, on peut dire qu'il est passé par là, mais par contre sa dangerosité n'est pas avérée." Et souvent, les scientifiques détectent le virus avant même les médecins, les pouvoirs publics et les épidémiologistes, notamment parce que dans les eaux usées, on repère aussi les traces du virus des personnes contaminées mais qui ne présentent pas de symptômes. On a donc une vision plus globale de l'épidémie.

"On est sur des niveaux relativement élevés"

Pour savoir ce que les chercheurs voient dans l'eau de nos toilettes, direction le laboratoire du professeur Vincent Maréchal, à la faculté de Jussieu, à Paris. Il est l'un des virologues qui coordonne ce projet de recherche sur les eaux usées, baptisé projet Obépine (Observatoire épidémiologique dans les eaux usées). "On est sur des niveaux qui sont assez comparables à ce qu'on a eu en mars au pic de l'épidémie. Des niveaux qui sont relativement élevés, voire très élevés, et en parallèle, depuis quelques semaines seulement, on a des signaux dans les hôpitaux qui sont préoccupants, alors qu'en mars on était déjà sur une vague très importantes dans les hôpitaux", indique-t-il. "On peut l'expliquer parce que probablement les gens se sont quand même mieux protégés quoi qu'on en dise", souligne-t-il.

Aujourd'hui les gens se protègent mais insuffisamment dans le sens où les mesures barrières ne sont pas en mesure de bloquer de façon définitive la circulation du virus.

Pr Vincent Maréchal, virologue

à franceinfo

L'un des objectifs du projet Obépine est de pouvoir bientôt analyser les eaux usées de 150 stations d'épuration dans toute la France, pour voir si à partir d'un prélèvement d'eau dans une zone, on peut modéliser et essayer de savoir combien d'habitants sont contaminés dans cette zone, voire peut-être, à termes, d'identifier des lieux précis de contamination.

Un environnement hostile pour le virus

Une autre question centrale est de "savoir si les gens qui excrètent du virus en excrètent beaucoup ou pas, et si le virus qui est excrété dans les selles est infectieux ou pas", explique le Pr Maréchal. Cette notion est très importante parce qu'elle permettra de savoir s'il y a un risque de transmission féco-orale par exemple et s'il y a un risque de contamination dans les égouts, dans les stations d'épuration et au-delà dans l'environnement." Très peu d'études dans le monde permettent d'isoler du virus infectieux à partir des selles, poursuit le chercheur. "Une des explications, probablement, c'est que le virus n'y est pas très heureux", explique-t-il.

De la même façon, on pense que le virus n'est pas très heureux dans les eaux usées, parce qu'il se trouve exposé à tout un tas de détergents en particulier qui ne l'aident vraisemblablement pas à rester infectieux.

Pr Maréchal

à franceinfo

"C'est une bonne nouvelle mais on va attendre de confirmer tout ça", ajoute le virologue. Un virus qui a priori n'est donc pas aussi virulent dans les selles que ceux par exemple de la gastro, de la polio, ou même que la bactérie du choléra. Des maladies qui se transmettent beaucoup aux toilettes ou dans la nature, notamment dans les rivières souillées par des excréments.